Hej! Ako poskytovateľ služieb analýzy mikrobiálnych údajov som bol v jeho hrubej, pokiaľ ide o výber správnej platformy sekvenovania pre mikrobiálne údaje. Je to rozhodujúce rozhodnutie, ktoré môže urobiť alebo prerušiť vaše projekty výskumu alebo analýzy. Poďme sa teda ponoriť do faktorov, ktoré by ste mali pri výbere zvážiť.
Náklady
Začnime s očividným: Cena. Sekvenovanie môže byť drahé a cena sa môže v závislosti od platformy značne líšiť. Musíte premýšľať o počiatočných nákladoch, ako je cena samotného sekvencovacieho stroja. Niektoré platformy sú dosť rozpočet - priateľské, zatiaľ čo iné sú vysoké - koniec a prichádzajú s statnou cenou.
Potom sú tu prebiehajúce náklady. To zahŕňa veci ako reagencie, ktoré sa používajú v procese sekvenovania. Niektoré platformy používajú drahšie činidlá, ktoré sa môžu časom skutočne sčítať. Musíte tiež zohľadniť náklady na ukladanie a analýzu údajov. Vysoko - priepustné sekvenovanie generuje tonu údajov a jeho ukladanie a analýza môže byť nákladné.
V prípade menších laboratórií alebo projektov s obmedzenými rozpočtami sú náklady často rozhodujúcim faktorom. Pamätajte však, že niekedy platíte trochu viac vopred, môže vám ušetriť peniaze z dlhodobého hľadiska, ak je platforma efektívnejšia a vyžaduje lacnejšie činidlá.
Priepustnosť
Priepustnosť sa týka množstva údajov, ktorú môže platforma sekvenovať v danom čase vygenerovať. Ak pracujete na rozsiahlom projekte, napríklad sekvenovanie genómov stoviek alebo tisícov mikrobiálnych vzoriek, budete potrebovať platformu s vysokou priepustnosťou.
Vysoko - priepustné platformy môžu súčasne spracovať viac vzoriek, čo šetrí čas a peniaze. Na druhej strane, ak pracujete iba na niekoľkých vzorkách naraz, môže stačiť nižšia priepustná platforma. Bude to lacnejšie a môže byť ľahšie riadiť.
Napríklad, ak používate aAnalyzátor mikrobiálneho rastuNa štúdium rastu malého počtu mikrobiálnych kmeňov možno nebudete potrebovať platformu na sekvenovanie s vysokou priepustnosťou.
Čítanie dĺžky
Dĺžka čítania je ďalším dôležitým faktorom. Je to dĺžka fragmentov DNA alebo RNA, ktorú môže sekvenčná platforma čítať naraz. Dlhšie dĺžky čítania môžu byť skutočne užitočné pre určité typy analýz.
Napríklad, ak sa snažíte zostaviť kompletný mikrobiálny genóm, dlhšie dĺžky čítania vám môžu pomôcť vyplniť medzery a získať presnejší obraz. Môžu byť tiež lepšie na detekciu štrukturálnych variácií v genóme.
Platformy s dlhšími dĺžkami čítania majú však často nižšiu priepustnosť a môžu byť drahšie. Musíte teda vyvážiť svoju potrebu dlhých čítaní s ostatnými požiadavkami, ako sú náklady a priepustnosť.
Presnosť
Presnosť je kľúčová, pokiaľ ide o analýzu mikrobiálnych údajov. Chcete sa ubezpečiť, že platforma na sekvenovanie, ktorú vyberiete, môže poskytnúť spoľahlivé a presné výsledky.
Niektoré platformy sú známe svojou vysokou presnosťou, zatiaľ čo iné môžu mať vyššiu mieru chybovosti. Platformy s vysokou presnosťou sú obzvlášť dôležité, ak robíte výskum, ktorý vyžaduje presné genetické informácie, napríklad štúdium vývoja mikrobiálnych populácií alebo identifikácia špecifických génov.
Majte na pamäti, že presnosť môže byť ovplyvnená aj inými faktormi, ako je kvalita vzorky a použité metódy analýzy údajov. Ale dobrá platforma na sekvenovanie je solídny základ pre presné výsledky.
Ľahké použitie
Priznajme si to, nie každý je odborníkom na sekvenovanie. Jednoduché použitie platformy na sekvenovanie je teda veľkým problémom. Platforma, ktorá sa ľahko ovláda a udržiava, vám môže ušetriť veľa bolesti hlavy.
Vyhľadajte platformy, ktoré sa dodávajú s používateľom - priateľským softvérom a jasnými pokynmi. Niektoré platformy dokonca ponúkajú školenie a podporu, čo môže byť skutočne užitočné, ak ste novým sekvenovaním.
Ak má vaše laboratórium kombináciu skúsených a začínajúcich používateľov, ľahká - použitie platformy môže zabezpečiť, aby každý mohol prispieť k procesu sekvenovania.
Kompatibilita s existujúcim zariadením
Ak vaše laboratórium už má nejaké vybavenie pre mikrobiálnu analýzu, budete chcieť zvoliť sekvenčnú platformu, ktorá je s ňou kompatibilná. To vám môže ušetriť peniaze pri nákupe nového vybavenia a uľahčiť integráciu sekvenovania do vášho existujúceho pracovného postupu.
Napríklad, ak používateAutomatický analyzátor mikrobiálneho rastu, možno budete chcieť sekvenujúcu platformu, ktorá dokáže bezproblémovo pracovať s údajmi generovanými analyzátorom.
Schopnosti analýzy údajov
Akonáhle budete mať svoje sekvenčné údaje, musíte ich analyzovať. Rôzne platformy na sekvenovanie sa dodávajú s rôznymi nástrojmi analýzy údajov.
Niektoré platformy ponúkajú zabudované - v softvéri, ktorý dokáže vykonávať základnú analýzu, napríklad zarovnanie čítaní a identifikácia génov. Iní môžu požadovať, aby ste používali softvér tretieho strany.
Zamyslite sa nad potrebami vašich analýz údajov. Ak máte vo svojom laboratóriu tím bioinformatiky, mohli by byť schopní zvládnuť komplexnú analýzu s nástrojmi tretieho strany. Ale ak ste malý laboratórium bez veľkej podpory bioinformatiky, lepšou voľbou môže byť platforma s jednoduchým - používať vstavané - v analytických nástrojoch.
Podpora komunity
Sekvenčná komunita môže byť skvelým zdrojom. Vyhľadajte platformy, ktoré majú veľkú a aktívnu komunitu používateľov. To znamená, že tam je viac ľudí, ktorí môžu zdieľať svoje skúsenosti, riešiť problémy a ponúknuť rady.
Nájdete online fóra, konferencie a workshopy, na ktorých sa môžete spojiť s ostatnými používateľmi rovnakej platformy. To môže byť skutočne užitočné, najmä ak sa stretnete s problémami počas procesu sekvenovania.
Reputácia dodávateľa
Povesť dodávateľa je tiež dôležitá. Chcete spolupracovať so spoločnosťou, ktorá má dobré skúsenosti s poskytovaním vysoko kvalitných výrobkov a služieb.
Vyhľadajte recenzie a posudky od ostatných používateľov. Skontrolujte, či dodávateľ ponúka dobrú podporu zákazníkov, vrátane služieb technickej podpory a údržby. Spoľahlivý dodávateľ môže výrazne zmeniť dlhodobý úspech vašich sekvencovacích projektov.
Budúcnosť - dôkaz
Nakoniec chcete premýšľať o budúcnosti. Technológia sa neustále vyvíja a vy nechcete investovať do sekvenčnej platformy, ktorá sa za pár rokov zastaví.
Vyhľadajte platformy, ktoré sa aktívne vyvíjajú a aktualizujú. Predajcovia, ktorí sa zaviazali k výskumu a vývoju, s väčšou pravdepodobnosťou ponúkajú nové funkcie a vylepšenia v priebehu času. To môže zabezpečiť, že vaša sekvenčná platforma zostane relevantná a užitočná pre ďalšie roky.
Záverom je, že výber správnej sekvenčnej platformy pre analýzu mikrobiálnych údajov je zložité rozhodnutie, ktoré si vyžaduje dôkladné zváženie viacerých faktorov. Tým, že si môžete vyhodnotiť tieto faktory, môžete urobiť informovanú voľbu, ktorá vyhovuje potrebám vašich výskumných alebo analytických projektov.
Ak máte záujem dozvedieť sa viac o našich službách analýzy mikrobiálnych údajov alebo potrebujete pomoc pri výbere správnej platformy na sekvenovanie, neváhajte sa osloviť. Sme tu, aby sme vám pomohli na každom kroku a pomohli vám čo najlepšie využiť z vašich mikrobiálnych údajov.
Odkazy
- Metzker, ML (2010). Sekvenčné technológie - ďalšia generácia. Nature Reviews Genetics, 11 (1), 31 - 46.
- Goodwin, S., McPherson, JD a McCombie, WR (2016). Príchod veku: Desať rokov budúcich technológií sekvenovania generácie. Nature Reviews Genetics, 17 (6), 333 - 351.
